Les essais cliniques recrutent quelques milliers de personnes. Une fois le médicament commercialisé, des millions de personnes le prennent, souvent en association avec d'autres médicaments et pour des pathologies exclues des essais. C'est pourquoi la notification des effets indésirables existe. Les autorités réglementaires, les fabricants et les cliniciens recueillent les signalements d'effets indésirables survenant après l'utilisation d'un médicament, puis recherchent des tendances que les essais n'ont pas permis de déceler.

Le système est facultatif dans de nombreux pays et obligatoire dans d'autres. Aux États-Unis, le programme MedWatch de la FDA recueille les signalements des professionnels de santé et des patients. Dans l'Union européenne, la base de données EudraVigilance centralise les signalements des États membres. Les fabricants sont tenus de transmettre tout signalement grave reçu dans des délais stricts, généralement de 15 jours.

Ce qui est considéré comme sérieux est défini, et non laissé à l'intuition :

• La mort ou un événement mettant la vie en danger
• Hospitalisation ou séjour hospitalier prolongé
• Invalidité persistante ou importante
• Anomalie congénitale
• Tout événement nécessitant une intervention pour prévenir une incapacité permanente

Un seul signalement suffit rarement à établir un lien de causalité. Une centaine de signalements similaires peuvent révéler un problème réel. Le travail consistant à transformer des cas isolés en un signal d'alarme en matière de sécurité s'appelle la pharmacovigilance, et c'est l'un des principaux moyens de mettre à jour l'étiquetage d'un médicament après son autorisation de mise sur le marché.