La concentration totale de sels dissous dans l'eau de mer correspond à sa salinité. La salinité moyenne en haute mer est d'environ 35 grammes de sel par kilogramme d'eau de mer, mais cette valeur varie selon les régions, allant des eaux polaires et côtières à faible salinité aux gyres subtropicales à forte salinité où l'évaporation est supérieure aux précipitations.

La salinité, de concert avec la température, détermine la densité de l'eau de mer et, par conséquent, la circulation océanique. Elle se mesure avec une grande précision par conductivité électrique, les résultats étant exprimés sur l'échelle pratique de salinité. La salinité absolue, qui tient compte des différences régionales de composition, est utilisée pour les calculs de densité les plus précis.

Les variations de salinité révèlent l'histoire des masses d'eau : leurs lieux de précipitation et d'évaporation, les zones de formation et de fonte des glaces, et leurs interactions. La distribution mondiale de la salinité est désormais cartographiée en continu par satellite et grâce au réseau Argo, offrant un indicateur précis de l'intensification du cycle hydrologique sous l'effet du changement climatique.

Une différence d'une seule unité de salinité suffit à créer une masse d'eau distincte et durable.