菌根是真菌與植物根系之間的共生關係。真菌在土壤中穿行，吸收水分和養分，並與植物交換光合作用產生的糖分。這種共生關係非常古老，可以追溯到4億多年前，大多數陸生植物都與菌根形成共生關係。

菌根主要分為兩大類。叢枝菌根穿透根細胞，常見於禾本科植物、蔬菜和大多數農作物。外生菌根包裹根尖，常見於松樹、橡樹和樺樹等樹木。真菌網絡可以延伸到根系範圍之外很遠的地方，有效地擴大了植物的營養吸收範圍。

植物的收益

• 提高磷的吸收率，尤其是在低肥力土壤中
• 乾旱時期更容易取得水源
• 對某些根部病原體具有更強的抵抗力
• 真菌菌絲改善土壤團聚作用

並非所有耕作方式都有利於菌根的生長。高磷肥料、頻繁耕作和休耕都會減少菌根的數量。減少耕作、種植覆蓋作物和低投入的耕作方式則更有利於菌根的生長。