菌根とは、菌類と植物の根との共生関係のことである。菌類は土壌中を糸状に伸び、水分や栄養分を吸収し、光合成によって作られた糖と引き換えに植物に供給する。この共生関係は4億年以上も前から存在し、ほとんどの陸上植物が菌根を形成している。

菌根には大きく分けて2種類あります。アーバスキュラー菌根は根の細胞に侵入し、イネ科植物、野菜、ほとんどの畑作物に見られます。外生菌根は根の先端を包み込み、マツ、オーク、カバノキなどの樹木に典型的に見られます。菌類のネットワークは根の範囲をはるかに超えて広がり、植物の栄養源となる菌類の分布域を効果的に拡大します。

植物が得られるもの

• リンの吸収が改善される（特に低肥沃度土壌において）
• 干ばつ時の水へのアクセス改善
• 一部の根の病原菌に対する抵抗力の向上
• 菌糸による土壌凝集性の向上

すべての農業が菌根菌にとって好ましいわけではない。リン酸肥料の多量使用、頻繁な耕起、休耕期間はいずれも菌根菌の個体数を減少させる。一方、耕起回数を減らし、被覆作物を栽培し、投入資材を削減する農業は、菌根菌の生育を促進する傾向がある。