菌根是真菌与植物根系之间的一种共生关系。真菌在土壤中穿行，吸收水分和养分，并与植物交换光合作用产生的糖分。这种共生关系非常古老，可以追溯到4亿多年前，大多数陆生植物都与菌根形成共生关系。

菌根主要分为两大类。丛枝菌根穿透根细胞，常见于禾本科植物、蔬菜和大多数农作物。外生菌根包裹根尖，常见于松树、橡树和桦树等树木。真菌网络可以延伸到根系范围之外很远的地方，有效地扩大了植物的营养吸收范围。

植物的收益

• 提高磷的吸收率，尤其是在低肥力土壤中
• 干旱时期更容易获得水源
• 对某些根部病原体具有更强的抵抗力
• 真菌菌丝改善土壤团聚作用

并非所有耕作方式都有利于菌根的生长。高磷肥料、频繁耕作和休耕都会减少菌根的数量。减少耕作、种植覆盖作物和低投入的耕作方式则更有利于菌根的生长。