Đôi khi một đoạn ADN đơn giản là biến mất. Sự mất đoạn là một đột biến trong đó một hoặc nhiều nucleotide bị loại bỏ khỏi nhiễm sắc thể hoặc gen. Sự mất đoạn nhỏ có thể ảnh hưởng đến một bazơ duy nhất; sự mất đoạn lớn có thể loại bỏ nhiều gen và tạo ra các hội chứng dễ nhận biết.

Nếu số lượng bazơ bị xóa không phải là bội số của ba, khung đọc sẽ bị dịch chuyển và các axit amin phía sau sẽ bị thay đổi. Ngay cả những đột biến xóa trong khung đọc cũng có thể loại bỏ các miền protein quan trọng. Các đột biến xóa phát sinh từ sự trao đổi chéo không đồng đều, lỗi sao chép hoặc sai sót trong quá trình sửa chữa DNA.

Các phòng thí nghiệm lâm sàng phát hiện các đột biến mất đoạn bằng phương pháp vi mảng nhiễm sắc thể, khuếch đại đầu dò phụ thuộc vào liên kết đa bội hoặc giải trình tự. Những ví dụ nổi tiếng bao gồm đột biến mất đoạn 22q11.2 gây ra hội chứng DiGeorge và các đột biến mất đoạn dystrophin gây ra nhiều trường hợp loạn dưỡng cơ Duchenne. Kích thước và vị trí quyết định mức độ nghiêm trọng của kiểu hình.

• Mất đi một hoặc nhiều nucleotide từ DNA
• Có thể là một đoạn nhỏ hoặc trải rộng trên nhiều gen.
• Có thể gây ra hiện tượng lệch khung hình nếu không phải là bội số của ba.
• Được phát hiện bằng phương pháp vi mảng hoặc giải trình tự.