Một số loài cung cấp cho bạn nhiều thông tin về môi trường hơn những loài khác. Loài chỉ thị là loài mà sự hiện diện, vắng mặt hoặc tình trạng của nó phản ánh sức khỏe của hệ sinh thái. Địa y rất nhạy cảm với ô nhiễm không khí. Sự biến mất của chúng khỏi rừng báo hiệu chất lượng không khí kém. Ấu trùng phù du cần nước sạch, giàu oxy. Sự vắng mặt của chúng trong suối cho thấy sự ô nhiễm hoặc nồng độ oxy thấp. Ếch, với lớp da thấm nước, rất nhạy cảm với những thay đổi trong thành phần hóa học của nước và bức xạ tia cực tím. Sự suy giảm số lượng ếch thường là dấu hiệu cảnh báo về các vấn đề môi trường rộng lớn hơn.

Các loài chỉ thị rất hữu ích vì việc theo dõi chúng rẻ hơn và nhanh hơn so với việc đo lường mọi biến số trong hệ sinh thái. Các nhà sinh thái học sử dụng chúng để theo dõi ô nhiễm, biến đổi khí hậu và suy thoái môi trường sống. Nhưng phương pháp này có những hạn chế. Một loài có thể nhạy cảm với một yếu tố và chịu đựng được yếu tố khác. Nó có thể suy giảm vì những lý do không liên quan đến hệ sinh thái rộng lớn hơn. Các chương trình giám sát tốt nhất sử dụng nhiều chỉ thị cùng nhau, kết hợp chúng với các phép đo trực tiếp về điều kiện nước, không khí và đất.

Loài chỉ thị phổ biến

• Địa y: chất lượng không khí, đặc biệt là sulfur dioxide.
• Côn trùng phù du và côn trùng cánh đá: nước ngọt sạch.
• Ếch và kỳ nhông: hóa học nước và tia cực tím.
• San hô: nhiệt độ và độ axit của đại dương.

Các loài chỉ thị không chỉ đơn thuần là "chim hoàng yến trong mỏ than". Chúng còn là những loài đáng được bảo vệ vì chính bản thân chúng, và sự suy giảm của chúng là một mất mát bất kể điều đó nói lên điều gì.