有些物種比其他物種更能反映環境狀況。指標物種是指其存在、缺失或生存狀況能夠反映生態系健康狀況的物種。地衣對空氣污染非常敏感。森林中地衣的消失預示著空氣品質惡化。蜉蝣幼蟲需要乾淨、富氧的水。溪流中蜉蝣幼蟲的消失表示水體受到污染或氧氣含量低。青蛙的皮膚具有滲透性，對水化學成分的變化和紫外線輻射非常敏感。青蛙數量的減少往往預示著更廣泛的環境問題。

指示物種之所以有用，是因為與測量生態系中的所有變數相比，監測它們成本更低、速度更快。生態學家利用它們來追蹤污染、氣候變遷和棲息地退化。但這種方法也有其限制。一個物種可能對某些因素敏感，而對其他因素則耐受。它的數量下降也可能與更廣泛的生態系統無關。最佳的監測方案是將多種指標結合使用，並結合對水、空氣和土壤狀況的直接測量。

常見指標物種

• 地衣：影響空氣質量，尤其是二氧化硫。
• 蜉蝣和石蠅：乾淨的淡水。
• 青蛙和蠑螈：水化學和紫外線。
• 珊瑚：海洋溫度和酸度。

指示物種不僅僅是煤礦裡的金絲雀，它們本身也是值得保護的物種，它們的減少無論告訴我們什麼，都是一種損失。