Néhány faj többet elárul egy környezetről, mint mások. Az indikátorfaj az, amelynek jelenléte, hiánya vagy állapota egy ökoszisztéma egészségét tükrözi. A zuzmók érzékenyek a légszennyezésre. Eltűnésük az erdőből rossz levegőminőséget jelez. A kérész lárváinak tiszta, oxigéndús vízre van szükségük. Hiányuk egy patakban szennyezésre vagy alacsony oxigénszintre utal. A békák, áteresztő bőrükkel, érzékenyek a víz kémiai összetételének változásaira és az UV-sugárzásra. A békapopulációk csökkenése gyakran szélesebb körű környezeti problémákra figyelmeztet.

Az indikátorfajok azért hasznosak, mert olcsóbbak és gyorsabban monitorozhatók, mint egy ökoszisztéma minden változójának mérése. Az ökológusok a szennyezés, az éghajlatváltozás és az élőhelyek degradációjának nyomon követésére használják őket. A megközelítésnek azonban vannak korlátai. Egy faj érzékeny lehet az egyik tényezőre, és toleráns lehet egy másikkal szemben. Hanyatlásnak indulhat a tágabb ökoszisztémához nem kapcsolódó okok miatt. A legjobb monitoring programok több indikátort használnak együtt, kombinálva azokat a víz-, levegő- és talajviszonyok közvetlen méréseivel.

Gyakori indikátorfajok

• Zuzmók: levegőminőség, különösen kén-dioxid.
• Kéregeslegyek és kéreglegyek: tiszta édesvízi víz.
• Békák és szalamandrák: vízkémia és UV-sugárzás.
• Korallok: óceán hőmérséklete és savassága.

Az indikátorfajok nem csupán kanárik a szénbányában. Önmagukban is védendő fajok, és csökkenésük veszteség, függetlenül attól, hogy mit mond nekünk.