有些物种比其他物种更能反映环境状况。指示物​​种是指其存在、缺失或生存状况能够反映生态系统健康状况的物种。地衣对空气污染非常敏感。森林中地衣的消失预示着空气质量恶化。蜉蝣幼虫需要清洁、富氧的水。溪流中蜉蝣幼虫的消失表明水体受到污染或氧气含量低。青蛙的皮肤具有渗透性，对水化学成分的变化和紫外线辐射非常敏感。青蛙数量的减少往往预示着更广泛的环境问题。

指示物种之所以有用，是因为与测量生态系统中的所有变量相比，监测它们成本更低、速度更快。生态学家利用它们来追踪污染、气候变化和栖息地退化。但这种方法也有局限性。一个物种可能对某些因素敏感，而对另一些因素则耐受。它的数量下降也可能与更广泛的生态系统无关。最佳的监测方案是将多种指标结合起来使用，并结合对水、空气和土壤状况的直接测量。

常见指示物种

• 地衣：影响空气质量，尤其是二氧化硫。
• 蜉蝣和石蝇：清洁的淡水。
• 青蛙和蝾螈：水化学和紫外线。
• 珊瑚：海洋温度和酸度。

指示物种不仅仅是煤矿里的金丝雀，它们本身也是值得保护的物种，它们的减少无论告诉我们什么，都是一种损失。