生物種によっては、環境について他の種よりも多くの情報を提供してくれるものがあります。指標種とは、その存在、不在、または状態が生態系の健全性を反映する種のことです。地衣類は大気汚染に敏感です。森林から地衣類が姿を消すことは、大気質の悪化を示唆します。カゲロウの幼虫は、清浄で酸素が豊富な水を必要とします。小川からカゲロウの幼虫がいなくなることは、汚染または酸素不足を示しています。皮膚が透過性のあるカエルは、水質変化や紫外線に敏感です。カエルの個体数の減少は、より広範な環境問題の兆候となることがよくあります。

指標種は、生態系のあらゆる変数を測定するよりも安価かつ迅速にモニタリングできるため有用です。生態学者は、汚染、気候変動、生息地の劣化を追跡するために指標種を利用します。しかし、この手法には限界があります。ある種は特定の要因に敏感でも、別の要因には耐性がある場合があります。また、生態系全体とは無関係な理由で個体数が減少することもあります。最良のモニタリングプログラムでは、複数の指標を組み合わせ、水、空気、土壌の状態を直接測定して活用します。

一般的な指標種

• 地衣類：大気質、特に二酸化硫黄。
• カゲロウとカワゲラ：きれいな淡水。
• カエルとサンショウウオ：水質と紫外線。
• サンゴ：海水温と酸性度。

指標種は、炭鉱のカナリアのような存在に過ぎないわけではない。それらはそれ自体が保護に値する種であり、その減少は、それが何を示しているかに関わらず、損失である。