कुछ प्रजातियाँ अन्य प्रजातियों की तुलना में पर्यावरण के बारे में अधिक जानकारी देती हैं। संकेतक प्रजाति वह होती है जिसकी उपस्थिति, अनुपस्थिति या स्थिति किसी पारिस्थितिकी तंत्र के स्वास्थ्य को दर्शाती है। लाइकेन वायु प्रदूषण के प्रति संवेदनशील होते हैं। किसी जंगल से इनका गायब होना खराब वायु गुणवत्ता का संकेत देता है। मेफ्लाइ के लार्वा को स्वच्छ, ऑक्सीजन युक्त पानी की आवश्यकता होती है। किसी नदी में इनकी अनुपस्थिति प्रदूषण या कम ऑक्सीजन की ओर इशारा करती है। मेंढक, अपनी पारगम्य त्वचा के कारण, जल रसायन और पराबैंगनी विकिरण में परिवर्तन के प्रति संवेदनशील होते हैं। मेंढकों की आबादी में गिरावट अक्सर व्यापक पर्यावरणीय समस्याओं का संकेत देती है।

संकेतक प्रजातियाँ उपयोगी होती हैं क्योंकि पारिस्थितिकी तंत्र के प्रत्येक चर को मापने की तुलना में इनकी निगरानी करना सस्ता और तेज़ होता है। पारिस्थितिकीविद् इनका उपयोग प्रदूषण, जलवायु परिवर्तन और पर्यावास क्षरण पर नज़र रखने के लिए करते हैं। लेकिन इस दृष्टिकोण की कुछ सीमाएँ हैं। कोई प्रजाति एक कारक के प्रति संवेदनशील और दूसरे के प्रति सहनशील हो सकती है। यह व्यापक पारिस्थितिकी तंत्र से असंबंधित कारणों से भी कम हो सकती है। सर्वोत्तम निगरानी कार्यक्रम कई संकेतकों का एक साथ उपयोग करते हैं, उन्हें जल, वायु और मृदा स्थितियों के प्रत्यक्ष मापों के साथ जोड़ते हैं।

सामान्य संकेतक प्रजातियाँ

• लाइकेन: वायु की गुणवत्ता, विशेषकर सल्फर डाइऑक्साइड।
• मई मक्खियाँ और पत्थर मक्खियाँ: स्वच्छ मीठा पानी।
• मेंढक और सैलामैंडर: जल रसायन और पराबैंगनी किरणें।
• प्रवाल: महासागर का तापमान और अम्लता।

संकेतक प्रजातियाँ केवल खतरे की घंटी नहीं हैं। वे अपने आप में संरक्षण के योग्य प्रजातियाँ भी हैं, और उनका पतन हमें जो भी संकेत दे, एक क्षति है।