Phương pháp Western blot phát hiện một loại protein cụ thể trong mẫu. Nó tách các protein theo kích thước, chuyển chúng lên màng và dùng kháng thể để phát hiện. Kết quả là một vạch ở vị trí tương ứng với trọng lượng phân tử của protein. Nếu vạch xuất hiện, protein đó có mặt. Nếu vạch biến mất, protein đó không có mặt. Khái niệm thì đơn giản, nhưng kỹ thuật này có nhiều bước và nhiều khả năng xảy ra sai sót.

Quy trình này gồm nhiều giai đoạn. Protein được chiết xuất từ ​​tế bào hoặc mô và được biến tính. Chúng được cho vào gel polyacrylamide và tách bằng điện di. Protein được chuyển sang màng nitrocellulose hoặc PVDF. Màng được xử lý để ngăn chặn sự liên kết không đặc hiệu. Kháng thể chính liên kết với protein mục tiêu. Kháng thể phụ, được gắn với enzyme hoặc chất huỳnh quang, liên kết với kháng thể chính. Chất nền được thêm vào, và tín hiệu được phát hiện trên phim hoặc bằng hệ thống hình ảnh.

Phương pháp Western blot được sử dụng để xác nhận sự hiện diện của protein, so sánh mức độ biểu hiện giữa các mẫu và phát hiện các biến đổi sau dịch mã. Chúng được sử dụng trong nghiên cứu và chẩn đoán lâm sàng, bao gồm xét nghiệm khẳng định HIV và xét nghiệm bệnh Lyme. Chúng cũng được sử dụng để xác nhận tính hợp lệ của kháng thể và kiểm tra các tác dụng ngoài mục tiêu.

Kỹ thuật này chỉ mang tính bán định lượng. Nó đòi hỏi sự kiểm soát và chuẩn hóa cẩn thận. Quá trình này tốn thời gian và có thể khá phức tạp. Tuy nhiên, nó vẫn là một công cụ tiêu chuẩn trong sinh học phân tử.