वेस्टर्न ब्लॉट किसी नमूने में मौजूद विशिष्ट प्रोटीन का पता लगाता है। यह प्रोटीनों को उनके आकार के अनुसार अलग करता है, उन्हें एक झिल्ली पर स्थानांतरित करता है, और फिर एंटीबॉडी से उनकी जांच करता है। परिणाम स्वरूप प्रोटीन के आणविक भार के अनुरूप स्थान पर एक बैंड दिखाई देता है। यदि बैंड मौजूद है, तो प्रोटीन वहां है। यदि यह अनुपस्थित है, तो प्रोटीन वहां नहीं है। यह एक सरल अवधारणा है, लेकिन इस तकनीक में कई चरण हैं और त्रुटि की संभावना भी अधिक है।

इस प्रक्रिया में कई चरण होते हैं। कोशिकाओं या ऊतकों से प्रोटीन निकाले जाते हैं और उन्हें विकृत किया जाता है। इन्हें पॉलीएक्रिलामाइड जेल पर लोड किया जाता है और इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किया जाता है। प्रोटीन को नाइट्रोसेल्यूलोज या पीवीडीएफ झिल्ली पर स्थानांतरित किया जाता है। गैर-विशिष्ट बंधन को रोकने के लिए झिल्ली को अवरुद्ध किया जाता है। एक प्राथमिक एंटीबॉडी लक्ष्य प्रोटीन से जुड़ती है। एक द्वितीयक एंटीबॉडी, जो एक एंजाइम या फ्लोरोफोर से जुड़ी होती है, प्राथमिक एंटीबॉडी से जुड़ती है। एक सब्सट्रेट मिलाया जाता है, और सिग्नल को फिल्म पर या इमेजिंग सिस्टम से पता लगाया जाता है।

वेस्टर्न ब्लॉटिंग का उपयोग प्रोटीन की उपस्थिति की पुष्टि करने, नमूनों के बीच अभिव्यक्ति स्तरों की तुलना करने और पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों का पता लगाने के लिए किया जाता है। इनका उपयोग अनुसंधान और नैदानिक ​​निदान में होता है, जिसमें एचआईवी की पुष्टि करने वाला परीक्षण और लाइम रोग का परीक्षण शामिल है। इनका उपयोग एंटीबॉडी को मान्य करने और ऑफ-टारगेट प्रभावों की जांच करने के लिए भी किया जाता है।

यह तकनीक अधिकतम अर्ध-मात्रात्मक है। इसमें सावधानीपूर्वक नियंत्रण और मानकीकरण की आवश्यकता होती है। यह समय लेने वाली और जटिल प्रक्रिया है। लेकिन यह आणविक जीवविज्ञान में एक मानक उपकरण बनी हुई है।