Et Western blot detekterer et specifikt protein i en prøve. Det adskiller proteiner efter størrelse, overfører dem til en membran og undersøger dem med et antistof. Resultatet er et bånd på den position, der svarer til proteinets molekylvægt. Hvis båndet er til stede, er proteinet der. Hvis det er fraværende, er proteinet ikke der. Det er et simpelt koncept, men teknikken har mange trin og mange muligheder for fejl.

Proceduren har flere trin. Proteiner ekstraheres fra celler eller væv og denatureres. De påføres en polyacrylamidgel og separeres ved elektroforese. Proteinerne overføres til en nitrocellulose- eller PVDF-membran. Membranen blokeres for at forhindre uspecifik binding. Et primært antistof binder målproteinet. Et sekundært antistof, bundet til et enzym eller en fluorofor, binder det primære antistof. Et substrat tilsættes, og signalet detekteres på film eller med et billeddannelsessystem.

Western blots bruges til at bekræfte tilstedeværelsen af ​​et protein, sammenligne ekspressionsniveauer mellem prøver og detektere posttranslationelle modifikationer. De bruges i forskning og klinisk diagnostik, herunder den bekræftende test for HIV og testen for Lyme-sygdom. De bruges også til at validere antistoffer og kontrollere for off-target-effekter.

Teknikken er i bedste fald semi-kvantitativ. Den kræver omhyggelig kontrol og normalisering. Den er tidskrævende og kan være kræsen. Men den er fortsat et standardværktøj inden for molekylærbiologi.