Ein Western Blot weist ein spezifisches Protein in einer Probe nach. Dabei werden Proteine ​​nach ihrer Größe getrennt, auf eine Membran übertragen und mit einem Antikörper inkubiert. Das Ergebnis ist eine Bande an der Position, die dem Molekulargewicht des Proteins entspricht. Ist die Bande vorhanden, ist das Protein vorhanden. Fehlt sie, ist das Protein nicht vorhanden. Das Prinzip ist einfach, doch die Technik umfasst viele Schritte und birgt ein hohes Fehlerrisiko.

Das Verfahren umfasst mehrere Schritte. Proteine ​​werden aus Zellen oder Gewebe extrahiert und denaturiert. Anschließend werden sie auf ein Polyacrylamidgel aufgetragen und elektrophoretisch getrennt. Die Proteine ​​werden auf eine Nitrocellulose- oder PVDF-Membran transferiert. Die Membran wird blockiert, um unspezifische Bindungen zu verhindern. Ein primärer Antikörper bindet an das Zielprotein. Ein sekundärer Antikörper, der an ein Enzym oder einen Fluorophor gekoppelt ist, bindet an den primären Antikörper. Nach Zugabe eines Substrats wird das Signal auf Film oder mit einem Bildgebungssystem detektiert.

Western Blots dienen dem Nachweis von Proteinen, dem Vergleich von Expressionsniveaus in verschiedenen Proben und dem Nachweis posttranslationaler Modifikationen. Sie werden in der Forschung und in der klinischen Diagnostik eingesetzt, unter anderem für den Bestätigungstest von HIV und den Test auf Lyme-Borreliose. Darüber hinaus werden sie zur Validierung von Antikörpern und zur Überprüfung auf Off-Target-Effekte verwendet.

Die Technik ist bestenfalls semiquantitativ. Sie erfordert sorgfältige Kontrollen und Normalisierung. Sie ist zeitaufwändig und kann heikel sein. Dennoch bleibt sie ein Standardwerkzeug in der Molekularbiologie.