A Western blot egy specifikus fehérjét mutat ki egy mintában. A fehérjéket méret szerint választja szét, membránra viszi át, és antitesttel vizsgálja. Az eredmény egy sáv a fehérje molekulatömegének megfelelő pozícióban. Ha a sáv jelen van, a fehérje jelen van. Ha hiányzik, a fehérje nincs jelen. Ez egy egyszerű koncepció, de a technika sok lépésből áll, és számos hibalehetőséget rejt magában.

Az eljárás több szakaszból áll. A fehérjéket kivonják a sejtekből vagy szövetekből, és denaturálják. Ezeket poliakrilamid gélre viszik, és elektroforézissel elválasztják. A fehérjéket nitrocellulóz vagy PVDF membránra viszik át. A membránt blokkolják, hogy megakadályozzák a nem specifikus kötődést. Egy elsődleges antitest kötődik a célfehérjéhez. Egy enzimhez vagy fluoroforhoz kapcsolt másodlagos antitest kötődik az elsődleges antitesthez. Egy szubsztrátot adnak hozzá, és a jelet filmen vagy képalkotó rendszerrel detektálják.

A Western blotokat egy fehérje jelenlétének megerősítésére, a minták expressziós szintjének összehasonlítására és a poszttranszlációs módosítások kimutatására használják. Kutatásban és klinikai diagnosztikában használják őket, beleértve a HIV megerősítő tesztjét és a Lyme-kór tesztjét. Antitestek validálására és a célponton kívüli hatások ellenőrzésére is használják.

A technika legjobb esetben is félkvantitatív. Gondos kontrollokat és normalizálást igényel. Időigényes és bonyolult is lehet. De továbbra is standard eszköz a molekuláris biológiában.