La técnica Western blot detecta una proteína específica en una muestra. Separa las proteínas por tamaño, las transfiere a una membrana y las analiza con un anticuerpo. El resultado es una banda en la posición correspondiente al peso molecular de la proteína. Si la banda está presente, la proteína está ahí. Si no está presente, la proteína no está. Es un concepto sencillo, pero la técnica tiene muchos pasos y muchas posibilidades de error.

El procedimiento consta de varias etapas. Las proteínas se extraen de células o tejidos y se desnaturalizan. Se cargan en un gel de poliacrilamida y se separan mediante electroforesis. Las proteínas se transfieren a una membrana de nitrocelulosa o PVDF. La membrana se bloquea para evitar la unión inespecífica. Un anticuerpo primario se une a la proteína diana. Un anticuerpo secundario, unido a una enzima o fluoróforo, se une al anticuerpo primario. Se añade un sustrato y la señal se detecta en una película o con un sistema de imagen.

La técnica Western blot se utiliza para confirmar la presencia de una proteína, comparar los niveles de expresión entre muestras y detectar modificaciones postraduccionales. Se emplea en investigación y diagnóstico clínico, incluyendo la prueba confirmatoria del VIH y la prueba para la enfermedad de Lyme. También se utiliza para validar anticuerpos y comprobar posibles efectos fuera de objetivo.

Esta técnica es, en el mejor de los casos, semicuantitativa. Requiere controles y normalización precisos. Es laboriosa y puede resultar delicada. Sin embargo, sigue siendo una herramienta estándar en biología molecular.