Un Western blot permet de détecter une protéine spécifique dans un échantillon. Il sépare les protéines selon leur taille, les transfère sur une membrane et les sonde avec un anticorps. On obtient ainsi une bande à la position correspondant au poids moléculaire de la protéine. Si la bande est présente, la protéine est présente ; si elle est absente, la protéine est absente. Le principe est simple, mais la technique comporte de nombreuses étapes et de nombreuses sources d'erreurs.

La procédure comporte plusieurs étapes. Les protéines sont extraites des cellules ou des tissus et dénaturées. Elles sont déposées sur un gel de polyacrylamide et séparées par électrophorèse. Les protéines sont ensuite transférées sur une membrane de nitrocellulose ou de PVDF. La membrane est bloquée afin d'empêcher les liaisons non spécifiques. Un anticorps primaire se lie à la protéine cible. Un anticorps secondaire, couplé à une enzyme ou à un fluorophore, se lie à l'anticorps primaire. Un substrat est ajouté, et le signal est détecté sur film ou à l'aide d'un système d'imagerie.

Le Western blot permet de confirmer la présence d'une protéine, de comparer les niveaux d'expression entre échantillons et de détecter les modifications post-traductionnelles. Il est utilisé en recherche et en diagnostic clinique, notamment pour le test de confirmation du VIH et le test de dépistage de la maladie de Lyme. Il sert également à valider les anticorps et à vérifier les effets hors cible.

Cette technique est au mieux semi-quantitative. Elle exige des contrôles rigoureux et une normalisation. Elle est chronophage et peut s'avérer délicate. Elle demeure néanmoins un outil standard en biologie moléculaire.