Um Western blot deteta uma proteína específica numa amostra. Separa as proteínas por tamanho, transfere-as para uma membrana e sonda-as com um anticorpo. O resultado é uma banda na posição correspondente ao peso molecular da proteína. Se a banda estiver presente, a proteína está lá. Se estiver ausente, a proteína não está. É um conceito simples, mas a técnica envolve muitos passos e muitas possibilidades de erro.

O procedimento tem várias etapas. As proteínas são extraídas de células ou tecidos e desnaturadas. De seguida, são aplicadas num gel de poliacrilamida e separadas por eletroforese. As proteínas são transferidas para uma membrana de nitrocelulose ou PVDF. A membrana é bloqueada para evitar ligações não específicas. Um anticorpo primário liga-se à proteína alvo. Um anticorpo secundário, conjugado com uma enzima ou fluoróforo, liga-se ao anticorpo primário. É adicionado um substrato e o sinal é detetado em filme ou com um sistema de imagem.

Os Western blots são utilizados para confirmar a presença de uma proteína, comparar os níveis de expressão entre amostras e detetar modificações pós-traducionais. São utilizados em investigação e em diagnósticos clínicos, incluindo o teste confirmatório para o VIH e o teste para a doença de Lyme. Também são utilizados para validar anticorpos e verificar efeitos fora do alvo.

A técnica é, na melhor das hipóteses, semiquantitativa. Requer controlos e normalização cuidadosos. É demorada e pode ser delicada. Mas continua a ser uma ferramenta padrão em biologia molecular.