Ένα Western blot ανιχνεύει μια συγκεκριμένη πρωτεΐνη σε ένα δείγμα. Διαχωρίζει τις πρωτεΐνες κατά μέγεθος, τις μεταφέρει σε μια μεμβράνη και τις ανιχνεύει με ένα αντίσωμα. Το αποτέλεσμα είναι μια ζώνη στη θέση που αντιστοιχεί στο μοριακό βάρος της πρωτεΐνης. Εάν η ζώνη υπάρχει, η πρωτεΐνη είναι εκεί. Εάν απουσιάζει, η πρωτεΐνη δεν είναι. Είναι μια απλή ιδέα, αλλά η τεχνική έχει πολλά βήματα και πολλές ευκαιρίες για σφάλματα.

Η διαδικασία έχει διάφορα στάδια. Οι πρωτεΐνες εξάγονται από τα κύτταρα ή τους ιστούς και μετουσιώνονται. Φορτώνονται σε ένα πήκτωμα πολυακρυλαμιδίου και διαχωρίζονται με ηλεκτροφόρηση. Οι πρωτεΐνες μεταφέρονται σε μια μεμβράνη νιτροκυτταρίνης ή PVDF. Η μεμβράνη μπλοκάρεται για να αποτραπεί η μη ειδική σύνδεση. Ένα πρωτογενές αντίσωμα συνδέεται με την πρωτεΐνη-στόχο. Ένα δευτερογενές αντίσωμα, συνδεδεμένο με ένα ένζυμο ή φθοροφόρο, συνδέεται με το πρωτογενές αντίσωμα. Προστίθεται ένα υπόστρωμα και το σήμα ανιχνεύεται σε φιλμ ή με ένα σύστημα απεικόνισης.

Τα Western blots χρησιμοποιούνται για την επιβεβαίωση της παρουσίας μιας πρωτεΐνης, τη σύγκριση των επιπέδων έκφρασης μεταξύ δειγμάτων και την ανίχνευση μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων. Χρησιμοποιούνται στην έρευνα και στην κλινική διαγνωστική, συμπεριλαμβανομένης της επιβεβαιωτικής εξέτασης για τον HIV και της εξέτασης για τη νόσο του Lyme. Χρησιμοποιούνται επίσης για την επικύρωση αντισωμάτων και τον έλεγχο για επιδράσεις εκτός στόχου.

Η τεχνική είναι στην καλύτερη περίπτωση ημι-ποσοτική. Απαιτεί προσεκτικούς ελέγχους και κανονικοποίηση. Είναι χρονοβόρα και μπορεί να είναι περίπλοκη. Ωστόσο, παραμένει ένα τυπικό εργαλείο στη μοριακή βιολογία.