يكشف تحليل ويسترن بلوت عن بروتين محدد في العينة. يفصل البروتينات حسب حجمها، ثم ينقلها إلى غشاء، ويكشف عنها باستخدام جسم مضاد. والنتيجة هي ظهور حزمة في الموضع الذي يتوافق مع الوزن الجزيئي للبروتين. إذا ظهرت الحزمة، فهذا يعني وجود البروتين. وإذا لم تظهر، فهذا يعني عدم وجوده. إنه مفهوم بسيط، لكن هذه التقنية تتضمن خطوات عديدة وفرصًا كثيرة للخطأ.

تتضمن هذه العملية عدة مراحل. تُستخلص البروتينات من الخلايا أو الأنسجة وتُخضع لعملية تغيير طبيعتها. ثم تُحمّل على هلام بولي أكريلاميد وتُفصل بالرحلان الكهربائي. تُنقل البروتينات إلى غشاء نيتروسليلوز أو غشاء PVDF. يُحجب الغشاء لمنع الارتباط غير النوعي. يرتبط جسم مضاد أولي بالبروتين المستهدف. ثم يرتبط جسم مضاد ثانوي، مرتبط بإنزيم أو فلوروفور، بالجسم المضاد الأولي. تُضاف مادة متفاعلة، ويُكشف عن الإشارة على فيلم أو باستخدام نظام تصوير.

تُستخدم تقنية ويسترن بلوت لتأكيد وجود البروتين، ومقارنة مستويات التعبير بين العينات، والكشف عن التعديلات اللاحقة للترجمة. وتُستخدم هذه التقنية في الأبحاث والتشخيص السريري، بما في ذلك الاختبار التأكيدي لفيروس نقص المناعة البشرية واختبار داء لايم. كما تُستخدم أيضًا للتحقق من صحة الأجسام المضادة والكشف عن التأثيرات الجانبية.

هذه التقنية شبه كمية في أحسن الأحوال. فهي تتطلب ضوابط دقيقة ومعايرة. كما أنها تستغرق وقتاً طويلاً وقد تكون معقدة. ومع ذلك، فهي لا تزال أداة أساسية في علم الأحياء الجزيئي.