Een Western blot detecteert een specifiek eiwit in een monster. Het scheidt eiwitten op basis van grootte, brengt ze over naar een membraan en detecteert ze met een antilichaam. Het resultaat is een band op de positie die overeenkomt met het molecuulgewicht van het eiwit. Als de band aanwezig is, is het eiwit aanwezig. Als de band afwezig is, is het eiwit niet aanwezig. Het is een eenvoudig concept, maar de techniek omvat veel stappen en veel mogelijkheden voor fouten.

De procedure bestaat uit verschillende stappen. Eiwitten worden uit cellen of weefsel geëxtraheerd en gedenatureerd. Ze worden op een polyacrylamidegel geladen en door middel van elektroforese gescheiden. De eiwitten worden overgebracht naar een nitrocellulose- of PVDF-membraan. Het membraan wordt geblokkeerd om niet-specifieke binding te voorkomen. Een primair antilichaam bindt aan het doeleiwit. Een secundair antilichaam, gekoppeld aan een enzym of fluorofoor, bindt aan het primaire antilichaam. Er wordt een substraat toegevoegd en het signaal wordt gedetecteerd op film of met een beeldvormingssysteem.

Western blots worden gebruikt om de aanwezigheid van een eiwit te bevestigen, expressieniveaus tussen monsters te vergelijken en post-translationele modificaties op te sporen. Ze worden gebruikt in onderzoek en klinische diagnostiek, waaronder de bevestigingstest voor hiv en de test voor de ziekte van Lyme. Ze worden ook gebruikt om antilichamen te valideren en ongewenste neveneffecten te controleren.

De techniek is op zijn best semi-kwantitatief. Zorgvuldige controles en normalisatie zijn vereist. Het is tijdrovend en kan lastig zijn. Maar het blijft een standaardinstrument in de moleculaire biologie.