Przed pojawieniem się maszyn masowo równoległych, sekwencję DNA odczytywano fragment po fragmencie. Sekwencjonowanie Sangera wykorzystuje dideoksynukleotydy kończące łańcuchy do generowania zagnieżdżonych zestawów nici DNA, które kończą się w każdej możliwej pozycji. Separując fragmenty pod względem wielkości, można wywnioskować kolejność zasad.

Każdy z czterech terminatorów zawiera inny barwnik fluorescencyjny. Instrument do elektroforezy kapilarnej wykrywa kolor końcowej zasady, gdy fragmenty przechodzą przez laser, generując chromatogram kolorowych pików. Metoda ta charakteryzuje się wysoką dokładnością odczytów do około tysiąca zasad.

Chociaż platformy nowej generacji dominują obecnie w dużych projektach, sekwencjonowanie Sangera pozostaje złotym standardem w walidacji pojedynczych wariantów i sekwencjonowaniu krótkich, docelowych regionów. Wiele laboratoriów klinicznych nadal polega na nim ze względu na jego niezawodność i prostotę interpretacji.

• Klasyczna metoda sekwencjonowania terminacji łańcucha
• Wykorzystuje fluorescencyjne dideoksynukleotydy
• Tworzy dokładne odczyty o umiarkowanej długości
• Nadal używany do walidacji i ukierunkowanej analizy