Vor der Entwicklung massiv paralleler Lesemaschinen wurde die DNA-Sequenz fragmentweise ausgelesen. Die Sanger-Sequenzierung nutzt kettenabbrechende Didesoxynukleotide, um verschachtelte DNA-Stränge zu erzeugen, die an jeder möglichen Position enden. Werden die Fragmente nach ihrer Größe getrennt, lässt sich die Basenreihenfolge bestimmen.

Jeder der vier Terminatoren trägt einen anderen Fluoreszenzfarbstoff. Ein Kapillarelektrophoresegerät detektiert die Farbe der letzten Base, während die Fragmente einen Laser passieren, und erzeugt so ein Chromatogramm farbiger Peaks. Die Methode ist für Sequenzen bis zu etwa tausend Basenpaaren hochpräzise.

Obwohl Next-Generation-Plattformen mittlerweile große Projekte dominieren, gilt die Sanger-Sequenzierung weiterhin als Goldstandard für die Validierung einzelner Varianten und die Sequenzierung kurzer Zielregionen. Viele klinische Labore verlassen sich aufgrund ihrer Zuverlässigkeit und der einfachen Interpretation nach wie vor darauf.

• Klassische Kettenabbruchsequenzierungsmethode
• Verwendet fluoreszierende Didesoxynukleotide
• Liefert genaue Messwerte von mittlerer Länge
• Wird weiterhin für Validierungs- und gezielte Analysen verwendet.