Πριν από τις μαζικά παράλληλες μηχανές, η αλληλουχία DNA διαβάζονταν ένα θραύσμα τη φορά. Η αλληλούχιση Sanger χρησιμοποιεί διδεοξυνουκλεοτίδια που τερματίζουν την αλυσίδα για να δημιουργήσει ένθετα σύνολα κλώνων DNA που καταλήγουν σε κάθε πιθανή θέση. Όταν τα θραύσματα διαχωρίζονται κατά μέγεθος, μπορεί να συναχθεί η σειρά των βάσεων.

Κάθε ένας από τους τέσσερις τερματιστές φέρει διαφορετική φθορίζουσα χρωστική. Ένα όργανο τριχοειδούς ηλεκτροφόρησης ανιχνεύει το χρώμα της τελικής βάσης καθώς τα θραύσματα διέρχονται από ένα λέιζερ, παράγοντας ένα χρωματογράφημα έγχρωμων κορυφών. Η μέθοδος είναι εξαιρετικά ακριβής για μετρήσεις έως και περίπου χίλιες βάσεις.

Παρόλο που οι πλατφόρμες επόμενης γενιάς κυριαρχούν πλέον σε μεγάλα έργα, η αλληλούχιση Sanger παραμένει το χρυσό πρότυπο για την επικύρωση μεμονωμένων παραλλαγών και την αλληλούχιση μικρών στοχευμένων περιοχών. Πολλά κλινικά εργαστήρια εξακολουθούν να βασίζονται σε αυτήν για την αξιοπιστία και την απλή ερμηνεία της.

• Κλασική μέθοδος αλληλούχισης τερματισμού αλυσίδας
• Χρησιμοποιεί φθορίζοντα διδεοξυνουκλεοτίδια
• Παράγει ακριβείς αναγνώσεις μεσαίου μήκους
• Χρησιμοποιείται ακόμα για επικύρωση και στοχευμένη ανάλυση