Před masivně paralelními stroji se sekvence DNA četla fragment po fragmentu. Sangerovo sekvenování používá dideoxynukleotidy ukončující řetězec k vytvoření vnořených sad řetězců DNA, které končí na všech možných pozicích. Když jsou fragmenty odděleny podle velikosti, lze odvodit pořadí bází.

Každý ze čtyř terminátorů nese jiné fluorescenční barvivo. Kapilární elektroforéza detekuje barvu finální báze, když fragmenty procházejí laserem, a vytváří chromatogram barevných píků. Metoda je vysoce přesná pro čtení až zhruba tisíce bází.

Přestože platformy nové generace nyní dominují velkým projektům, Sangerovo sekvenování zůstává zlatým standardem pro validaci jednotlivých variant a sekvenování krátkých cílených oblastí. Mnoho klinických laboratoří se na něj stále spoléhá pro jeho spolehlivost a snadnou interpretaci.

• Klasická metoda sekvenování s terminací řetězce
• Používá fluorescenční dideoxynukleotidy
• Produkuje přesné čtení střední délky
• Stále se používá pro validaci a cílenou analýzu