Før massivt parallelle maskiner ble DNA-sekvenser lest ett fragment om gangen. Sanger-sekvensering bruker kjedeavsluttende dideoksynukleotider for å generere nestede sett med DNA-tråder som ender på alle mulige posisjoner. Når fragmentene er atskilt etter størrelse, kan baserekkefølgen utledes.

Hver av de fire terminatorene har et ulikt fluorescerende fargestoff. Et kapillærelektroforeseinstrument detekterer fargen på den endelige basen når fragmentene passerer en laser, og produserer et kromatogram av fargede topper. Metoden er svært nøyaktig for avlesninger opptil omtrent tusen baser.

Selv om neste generasjons plattformer nå dominerer store prosjekter, er Sanger-sekvensering fortsatt gullstandarden for validering av individuelle varianter og sekvensering av korte målrettede regioner. Mange kliniske laboratorier er fortsatt avhengige av den for dens pålitelighet og enkle tolkning.

• Klassisk kjedetermineringssekvenseringsmetode
• Bruker fluorescerende dideoksynukleotider
• Produserer nøyaktige avlesninger av moderat lengde
• Brukes fortsatt til validering og målrettet analyse