Den minste endringen i DNA kan fortsatt ha store konsekvenser. En punktmutasjon er en endring av et enkelt nukleotid – substitusjon, innsetting eller sletting av én base. Substitusjoner er de vanligste og klassifiseres som transisjoner eller transversjoner.

En stille substitusjon lar aminosyren være uendret på grunn av kodedegenerasjon. En missense-mutasjon endrer én aminosyre; en nonsensmutasjon skaper et for tidlig stoppkodon. Innsettinger eller slettinger av én base forårsaker rammeskift med mindre de forekommer i multipler av tre.

Punktmutasjoner oppstår fra replikasjonsfeil eller DNA-skade. Mange sykdomsfremkallende alleler er punktmutasjoner, inkludert den klassiske sigdcellesubstitusjonen. Sekvensering oppdager dem med høy nøyaktighet. Effektene deres varierer fra ingen til fullstendig tap av proteinfunksjon, avhengig av plassering og type.

• Endring som påvirker et enkelt nukleotid
• Inkluderer erstatninger, innsettinger og slettinger
• Kan være stille, meningsløst eller tull
• Vanlig årsak til genetisk variasjon og sykdom