Den mindste ændring i DNA kan stadig have store konsekvenser. En punktmutation er en ændring af et enkelt nukleotid – substitution, indsættelse eller deletion af én base. Substitutioner er de mest almindelige og klassificeres som transitioner eller transversioner.

En stille substitution efterlader aminosyren uændret på grund af kodedegeneration. En missense-mutation ændrer én aminosyre; en nonsense-mutation skaber et for tidligt stopkodon. Enkeltbase-insertioner eller -deletioner forårsager frameshifts, medmindre de forekommer i multipla af tre.

Punktmutationer opstår som følge af replikationsfejl eller DNA-skade. Mange sygdomsfremkaldende alleler er punktmutationer, herunder den klassiske seglcellesubstitution. Sekventering detekterer dem med høj nøjagtighed. Deres virkninger spænder fra ingen til fuldstændigt tab af proteinfunktion, afhængigt af placering og type.

• Ændring der påvirker et enkelt nukleotid
• Inkluderer substitutioner, indsættelser og sletninger
• Kan være tavs, meningsløs eller nonsens
• Almindelig årsag til genetisk variation og sygdom