海洋中劃定的、限製或禁止人類活動的區域被稱為海洋保護區（MPA）。保護等級從允許有管理的捕撈活動的多用途區域到完全禁止捕撈的禁漁區不等。

有效執行的海洋保護區可以增加其邊界內物種的數量、規模和多樣性，並且透過成魚和幼魚的溢出效應，也能使鄰近漁場受益。它們保護著重要的棲息地，例如產卵聚集地、珊瑚礁和海山。其有效性取決於保護區的規模、位置、保護等級和執行情況。

全球目標要求大幅擴大海洋保護區網絡，包括公海區域。挑戰包括偏遠地區的執法、當地社區的公平參與，以及確保保護區能夠代表所有類型的海洋棲息地。科學監測對於展現成效和調整管理至關重要。

地圖上一條線劃定的禁捕區幾乎沒有任何益處；而一個受到尊重的禁捕區可以在十年內改變一個枯竭的珊瑚礁。