海洋中划定的、限制或禁止人类活动的区域被称为海洋保护区（MPA）。保护级别从允许有管理的捕捞活动的多用途区域到完全禁止捕捞的禁渔区不等。

有效执行的海洋保护区可以增加其边界内物种的数量、规模和多样性，并且通过成鱼和幼鱼的溢出效应，也能使邻近渔场受益。它们保护着重要的栖息地，例如产卵聚集地、珊瑚礁和海山。其有效性取决于保护区的规模、位置、保护级别和执行情况。

全球目标要求大幅扩大海洋保护区网络，包括公海区域。挑战包括偏远地区的执法、当地社区的公平参与，以及确保保护区能够代表所有类型的海洋栖息地。科学监测对于展现成效和调整管理至关重要。

地图上一条线划定的禁捕区几乎没有任何益处；而一个受到尊重的禁捕区可以在十年内改变一个枯竭的珊瑚礁。