人間の活動が制限または禁止されている海洋の指定区域は、海洋保護区（MPA）として知られています。保護レベルは、規制された漁業が許可されている多目的利用区域から、採取が一切禁止されている完全禁漁区まで多岐にわたります。

適切に管理された海洋保護区は、その境界内の生物種の個体数、サイズ、多様性を増加させることができ、成魚や幼生の流入を通じて近隣の漁場にも恩恵をもたらす。産卵場所、サンゴ礁、海山などの重要な生息地を保護する。その有効性は、規模、場所、保護レベル、および遵守状況によって左右される。

世界的な目標では、公海を含む海洋保護区ネットワークの大幅な拡大が求められている。課題としては、遠隔地での規制執行、地域社会の公平な参加、そして保護区が海洋生息環境のあらゆる範囲を代表するものであることの確保などが挙げられる。成果を実証し、管理を適応させるためには、科学的なモニタリングが不可欠である。

地図上の線に過ぎない禁漁区はほとんど効果がないが、尊重される禁漁区は10年以内に枯渇したサンゴ礁を再生させることができる。