最小的人類染色體攜帶著決定發育的關鍵開關。 Y染色體通常只存在於男性體內，它包含啟動睪丸發育的SRY基因。如果沒有SRY基因，雙潛能性腺就會發育成卵巢。

Y染色體的大部分區域不會與X染色體重組，因此累積了重複DNA，並失去了許多祖先基因。雄性特有區域中的少數基因對精子生成至關重要。末端的假常染色體區域在減數分裂過程中仍與X染色體配對。

Y染色體缺失會導致不孕。由於Y染色體嚴格地由父親傳給兒子，因此常用於研究男性譜系和人口歷史。儘管Y染色體體積小、基因含量有限，但它在性別決定和男性生殖生物學中仍然至關重要。

• 性染色體，通常只存在於男性體內
• 攜帶SRY性別決定基因
• 大多不發生重組且基因貧乏
• 對男性生育能力和性別決定至關重要