Det minste menneskelige kromosomet bærer en avgjørende utviklingsbryter. Y-kromosomet finnes normalt bare hos menn og inneholder SRY-genet som initierer testikkelutvikling. Uten SRY blir den bipotensielle gonaden en eggstokk.

Det meste av Y-proteinet rekombineres ikke med X-proteinet og har derfor akkumulert repetitivt DNA og mistet mange forfedregener. Noen få gener i den hannspesifikke regionen er essensielle for sædproduksjon. De pseudoautosomale regionene i endene parer seg fortsatt med X-proteinet under meiosen.

Y-kromosomdelesjoner kan forårsake infertilitet. Fordi Y-kromosomet går i arv utelukkende fra far til sønn, brukes det i studier av mannlige avstamninger og populasjonshistorie. Til tross for sin lille størrelse og begrensede geninnhold, er kromosomet fortsatt sentralt i kjønnsbestemmelse og mannlig reproduksjonsbiologi.

• Kjønnskromosom finnes normalt bare hos menn
• Bærer det kjønnsbestemmende SRY-genet
• Stort sett ikke-rekombinerende og genfattig
• Kritisk for mannlig fertilitet og kjønnsbestemmelse