Το μικρότερο ανθρώπινο χρωμόσωμα φέρει έναν καθοριστικό αναπτυξιακό διακόπτη. Το χρωμόσωμα Υ υπάρχει κανονικά μόνο στους άνδρες και περιέχει το γονίδιο SRY που ξεκινά την ανάπτυξη των όρχεων. Χωρίς το SRY, η διδύναμη γονάδα μετατρέπεται σε ωοθήκη.

Το μεγαλύτερο μέρος του Υ δεν ανασυνδυάζεται με το Χ και ως εκ τούτου έχει συσσωρεύσει επαναλαμβανόμενο DNA και έχει χάσει πολλά προγονικά γονίδια. Μερικά γονίδια στην ειδική για τον άνδρα περιοχή είναι απαραίτητα για την παραγωγή σπέρματος. Οι ψευδοαυτοσωμικές περιοχές στα άκρα εξακολουθούν να ζευγαρώνουν με το Χ κατά τη μείωση.

Οι διαγραφές του χρωμοσώματος Υ μπορούν να προκαλέσουν υπογονιμότητα. Επειδή το χρωμόσωμα Υ μεταδίδεται αυστηρά από πατέρα σε γιο, χρησιμοποιείται σε μελέτες αρσενικών γενεαλογικών γραμμών και ιστορίας πληθυσμού. Παρά το μικρό του μέγεθος και την περιορισμένη γονιδιακή του περιεκτικότητα, το χρωμόσωμα παραμένει κεντρικό στον προσδιορισμό του φύλου και στη βιολογία της ανδρικής αναπαραγωγικής ικανότητας.

• Φυλοχρωμόσωμα που βρίσκεται κανονικά μόνο στους άνδρες
• Φέρει το γονίδιο SRY που καθορίζει το φύλο
• Σε μεγάλο βαθμό μη ανασυνδυαζόμενο και φτωχό σε γονίδια
• Κρίσιμο για την ανδρική γονιμότητα και τον προσδιορισμό του φύλου