يحمل أصغر كروموسوم بشري مفتاحًا حاسمًا في التطور. يوجد كروموسوم Y عادةً لدى الذكور فقط، ويحتوي على جين SRY الذي يبدأ نمو الخصيتين. وبدون SRY، تتحول الغدد التناسلية ثنائية القدرة إلى مبيض.

لا يتحد معظم الكروموسوم Y مع الكروموسوم X، ولذلك تراكمت فيه جزيئات الحمض النووي المتكررة وفقد العديد من الجينات السلفية. بعض الجينات في المنطقة الخاصة بالذكور ضرورية لإنتاج الحيوانات المنوية. أما المناطق شبه الصبغية الموجودة في الأطراف، فتظل تتحد مع الكروموسوم X أثناء الانقسام الاختزالي.

قد تؤدي حالات حذف الكروموسوم Y إلى العقم. ولأن هذا الكروموسوم ينتقل حصراً من الأب إلى الابن، فإنه يُستخدم في دراسات الأنساب الذكرية وتاريخ السكان. وعلى الرغم من صغر حجمه ومحتواه الجيني المحدود، يبقى هذا الكروموسوم أساسياً في تحديد الجنس وفي بيولوجيا التكاثر لدى الذكور.

• الكروموسوم الجنسي يوجد عادة فقط عند الذكور
• يحمل جين تحديد الجنس SRY
• غير قابلة لإعادة التركيب إلى حد كبير وفقيرة بالجينات
• أمر بالغ الأهمية لخصوبة الذكور وتحديد الجنس