藻類水華是指水體中藻類的迅速爆發式增長。當營養物質，主要是氮和磷，流入湖泊或沿海地區時，就會發生藻類水華。化肥徑流、污水和牲畜糞便都是常見的營養來源。溫暖的水溫和平靜的水面會加劇藻類水華的發生。

有些藻華無害，有些則有毒。藍藻（也常被稱為藍綠藻）會產生毒素，危害魚類、鳥類、寵物和人類。在受污染的水中游泳會導致皮疹和疾病，飲用受污染的水可能致命。即使是無毒的藻華，在分解時也會阻擋陽光並消耗氧氣，導致生物死亡。

結果往往是形成死區。藻類死亡後，細菌會分解它們並消耗水中的氧氣，導致魚類和貝類窒息而死。墨西哥灣每年夏季都會出現面積相當於新澤西州大小的死區，其養分主要來自密西西比河。減少化肥徑流是主要解決方案，但在政治上卻難以實現。

常見原因

• 肥料徑流
• 污水排放
• 牲畜糞便
• 溫水溫度
• 緩慢流動或靜止的水