藻类水华是指水体中藻类的迅速爆发式增长。当营养物质，主要是氮和磷，流入湖泊或沿海地区时，就会发生藻类水华。化肥径流、污水和牲畜粪便都是常见的营养物质来源。温暖的水温和平静的水面会加剧藻类水华的发生。

有些藻华无害，有些则有毒。蓝藻（也常被称为蓝绿藻）会产生毒素，危害鱼类、鸟类、宠物和人类。在受污染的水中游泳会导致皮疹和疾病，饮用受污染的水则可能致命。即使是无毒的藻华，在分解时也会阻挡阳光并消耗氧气，从而导致生物死亡。

结果往往是形成死区。藻类死亡后，细菌会分解它们并消耗水中的氧气，导致鱼类和贝类窒息而死。墨西哥湾每年夏季都会出现面积相当于新泽西州大小的死区，其养分主要来自密西西比河。减少化肥径流是主要解决方案，但这在政治上却难以实现。

常见原因

• 肥料径流
• 污水排放
• 牲畜粪便
• 温水温度
• 缓慢流动或静止的水