1989年，埃克森·瓦爾迪茲號油輪洩漏了1,100萬加侖原油，流入威廉王子灣。清理人員使用了撇油器、圍油欄和高壓熱水，也利用了細菌。他們在海灘上撒上肥料，以促進天然存在的石油降解微生物的生長。這些細菌分解石油，將其轉化為二氧化碳和水。生物修復技術當時引起了廣泛關注。

生物修復利用生物體去除或中和污染物。細菌和真菌是最常見的兩種生物。有些可以降解石油烴，有些則可以分解殺蟲劑、溶劑或重金屬。植物也可以用於生物修復，這種技術稱為植物修復。這些生物體可以是原產於該地點的，也可以是引入的。它們可以透過營養物質刺激生長，也可以經過基因工程改造以執行特定任務。

這種方法有其優點。它通常比挖掘或焚燒更便宜。它可以就地處理，無需移動受污染的土壤。產生的廢棄物也更少。但它速度較慢。它依賴環境條件。它可能並非對所有污染物都有效。而且，它可能殘留一些仍然有害的物質。

生物修復並非萬靈藥，而是針對特定情況的工具。當它奏效時，可以將污染問題轉化為生物過程；而當它失效時，則會延緩更有效的清理工作。