1989 में, एक्सॉन वाल्डेज़ जहाज से प्रिंस विलियम साउंड में 11 मिलियन गैलन कच्चा तेल फैल गया। सफाई दल ने स्किमर, बूम और उच्च दबाव वाले गर्म पानी का इस्तेमाल किया। उन्होंने बैक्टीरिया का भी उपयोग किया। तेल को प्राकृतिक रूप से नष्ट करने वाले सूक्ष्मजीवों को बढ़ावा देने के लिए समुद्र तटों पर उर्वरक फैलाया गया। बैक्टीरिया ने तेल को खाकर उसे कार्बन डाइऑक्साइड और पानी में बदल दिया। जैव-उपचार की यह प्रक्रिया सुर्खियों में छाई रही।

जैव उपचार में जीवों का उपयोग संदूषकों को हटाने या उन्हें बेअसर करने के लिए किया जाता है। जीवाणु और कवक सबसे आम कारक हैं। कुछ जीव पेट्रोलियम हाइड्रोकार्बन को विघटित करते हैं। अन्य कीटनाशकों, विलायकों या भारी धातुओं को तोड़ते हैं। पौधों का भी उपयोग किया जा सकता है, जिसे फाइटोरेमेडिएशन तकनीक कहा जाता है। ये जीव उस स्थान के मूल निवासी हो सकते हैं या उन्हें बाहर से लाया जा सकता है। उन्हें पोषक तत्वों से उत्तेजित किया जा सकता है या विशिष्ट कार्यों के लिए तैयार किया जा सकता है।

इस विधि के कई फायदे हैं। यह अक्सर खुदाई या भस्मीकरण से सस्ता होता है। इसे दूषित मिट्टी को हटाए बिना, उसी स्थान पर किया जा सकता है। इससे कम अपशिष्ट उत्पन्न होता है। लेकिन यह धीमी प्रक्रिया है। यह पर्यावरणीय परिस्थितियों पर निर्भर करता है। यह सभी प्रदूषकों पर कारगर नहीं हो सकता है। और यह ऐसे अवशेष छोड़ सकता है जो अभी भी खतरनाक हैं।

जैव उपचार कोई अचूक उपाय नहीं है। यह विशिष्ट परिस्थितियों के लिए एक उपकरण है। जब यह कारगर होता है, तो यह प्रदूषण की समस्या को एक जैविक प्रक्रिया में बदल देता है। जब यह विफल होता है, तो यह अधिक प्रभावी सफाई में देरी कर सकता है।