Các hạt đất kết dính với nhau. Cách chúng kết tụ lại quyết định nước thấm vào hay chảy đi, rễ cây có dễ dàng xuyên qua hay không, và đất có chịu được tác động của máy móc hay không. Sự sắp xếp đó tạo nên cấu trúc đất, và nó quan trọng không kém gì kết cấu bề mặt.

Cấu trúc đất tốt thường trông như những mảnh vụn hoặc những khối nhỏ với các khoảng trống giữa chúng. Nước và không khí lưu thông tự do, rễ cây lan rộng và đất có khả năng chống nén chặt. Cấu trúc đất kém thường trông như bụi, những cục đất lớn hoặc lớp đất cứng mà rễ cây không thể xuyên qua.

Điều gì gây hư hại cho cấu trúc?

• Việc cày xới lặp đi lặp lại làm vỡ các khối đất.
• Máy móc hạng nặng nén đất ướt
• Hàm lượng chất hữu cơ thấp khiến các hạt trở nên rời rạc.
• Mưa lớn trút xuống các bề mặt trống trải.

Việc khôi phục cấu trúc đất cần thời gian. Giảm thiểu cày xới, trồng cây che phủ và bổ sung chất hữu cơ sẽ dần dần tái tạo lại cấu trúc đất. Giun đất giúp trộn lẫn và tạo ra các kênh dẫn. Sự cải thiện diễn ra chậm nhưng có thể thấy rõ trong vài mùa vụ.