Cząsteczki gleby sklejają się ze sobą. Sposób, w jaki się zlepiają, decyduje o tym, czy woda wsiąka, czy spływa, czy korzenie łatwo się przebijają i czy gleba wytrzyma nacisk maszyn. To ułożenie to struktura, która ma równie duże znaczenie jak tekstura.

Dobra struktura przypomina okruchy lub małe bloki z porami między nimi. Woda i powietrze swobodnie się przemieszczają, korzenie się rozrastają, a gleba opiera się zagęszczeniu. Słaba struktura przypomina pył, duże bryły lub twardą warstwę, przez którą korzenie nie mogą przeniknąć.

Co uszkadza strukturę

• Powtarzana uprawa rozbijająca agregaty
• Ciężki sprzęt zagęszczający mokrą glebę
• Niska zawartość materii organicznej pozostawiająca luźne cząsteczki
• Intensywne opady deszczu uderzające w gołe powierzchnie

Odbudowa struktury wymaga czasu. Uprawa uproszczona, rośliny okrywowe i dodatki organiczne stopniowo odbudowują agregaty. Dżdżownice pomagają, mieszając i opuszczając kanały. Poprawa jest powolna, ale widoczna po kilku sezonach.