Genom her hücrede aynıdır. Transkriptom ise farklıdır. Transkriptomik, belirli bir zamanda bir genom tarafından üretilen tüm RNA transkriptlerini inceler. Hangi genlerin aktif olduğunu, ne kadar güçlü bir şekilde aktif olduklarını ve ifadelerinin nasıl değiştiğini ölçer. Hücrenin dinamik durumunu yakalar; bu nedenle gelişim, hastalık ve ilaç yanıtını incelemek için kullanılır.

Ana teknoloji RNA dizilemesidir. RNA, bir örnekten çıkarılır, tamamlayıcı DNA'ya dönüştürülür ve dizilenir. Elde edilen okumalar genoma eşleştirilir ve gen başına okuma sayısı ifade düzeyini gösterir. Alternatif ekleme, yeni transkriptler ve füzyon genleri de tespit edilebilir. Mikroarraylar daha eski bir teknolojiydi ve bazı uygulamalar için hala kullanılmaktadır.

Transkriptomik, yaygın olarak kullanılmaktadır. Kanser araştırmalarında, tümörleri gen ekspresyon profillerine göre sınıflandırarak tedaviye yön verebilir. İmmünolojide, bağışıklık hücrelerinin enfeksiyona nasıl tepki verdiğini inceler. Nörobilimde, beyin bölgelerindeki gen ekspresyonunu haritalandırır. Tarımda, mahsullerin kuraklığa dayanmasına yardımcı olan genleri belirler. Fonksiyonel genomik biliminin temel bir aracıdır.

Veriler karmaşık. Tek bir deney milyonlarca ölçüm üretebilir. Normalizasyon, istatistiksel analiz ve biyolojik yorumlama şarttır. Transkriptomik sadece gen listeleriyle ilgili değildir. Gen ağlarının nasıl birlikte çalıştığını anlamakla ilgilidir.