Genom di setiap sel sama. Transkriptomnya berbeda. Transkriptomik mempelajari semua transkrip RNA yang dihasilkan oleh genom pada waktu tertentu. Studi ini mengukur gen mana yang diaktifkan, seberapa kuat aktivasinya, dan bagaimana ekspresinya berubah. Transkriptomik menangkap keadaan dinamis sel, itulah sebabnya digunakan untuk mempelajari perkembangan, penyakit, dan respons terhadap obat.

Teknologi utama adalah sekuensing RNA. RNA diekstrak dari sampel, diubah menjadi DNA komplementer, dan diurutkan. Hasil pembacaan dipetakan ke genom, dan jumlah pembacaan per gen menunjukkan tingkat ekspresi. Penyambungan alternatif, transkrip baru, dan gen fusi juga dapat dideteksi. Mikroarray adalah teknologi yang lebih awal, dan masih digunakan untuk beberapa aplikasi.

Transkriptomik digunakan secara luas. Dalam bidang kanker, transkriptomik mengklasifikasikan tumor berdasarkan profil ekspresi gennya, yang dapat memandu pengobatan. Dalam imunologi, transkriptomik mempelajari bagaimana sel imun merespons infeksi. Dalam ilmu saraf, transkriptomik memetakan ekspresi gen di berbagai wilayah otak. Dalam pertanian, transkriptomik mengidentifikasi gen yang membantu tanaman mentolerir kekeringan. Transkriptomik merupakan alat dasar genomik fungsional.

Data yang dihasilkan sangat kompleks. Satu eksperimen saja dapat menghasilkan jutaan pengukuran. Normalisasi, analisis statistik, dan interpretasi biologis sangat penting. Transkriptomik bukan hanya tentang daftar gen. Ini tentang memahami bagaimana jaringan gen bekerja bersama.