Genomet er det samme i hver celle. Transkriptomet er ikke det. Transkriptomikk studerer alle RNA-transkriptene som produseres av et genom på et gitt tidspunkt. Den måler hvilke gener som er aktivert, hvor sterkt, og hvordan uttrykket deres endres. Den fanger opp den dynamiske tilstanden til en celle, og det er derfor den brukes til å studere utvikling, sykdom og legemiddelrespons.

Hovedteknologien er RNA-sekvensering. RNA ekstraheres fra en prøve, konverteres til komplementært DNA og sekvenseres. De resulterende avlesningene kartlegges til genomet, og antall avlesninger per gen indikerer uttrykknivå. Alternativ spleising, nye transkripter og fusjonsgener kan også detekteres. Mikroarrayer var den tidligere teknologien, og de brukes fortsatt til noen applikasjoner.

Transkriptomikk brukes mye. Innen kreft klassifiserer den svulster etter deres genuttrykksprofiler, noe som kan veilede behandlingen. Innen immunologi studerer den hvordan immunceller reagerer på infeksjon. Innen nevrovitenskap kartlegger den genuttrykk på tvers av hjerneområder. Innen landbruk identifiserer den gener som hjelper avlinger med å tolerere tørke. Det er et grunnleggende verktøy for funksjonell genomikk.

Dataene er komplekse. Et enkelt eksperiment kan produsere millioner av målinger. Normalisering, statistisk analyse og biologisk tolkning er avgjørende. Transkriptomikk handler ikke bare om lister over gener. Det handler om å forstå hvordan nettverk av gener fungerer sammen.