Genom je v každé buňce stejný. Transkriptom nikoli. Transkriptomika studuje všechny RNA transkripty produkované genomem v daném čase. Měří, které geny jsou aktivovány, jak silně a jak se mění jejich exprese. Zachycuje dynamický stav buňky, a proto se používá ke studiu vývoje, onemocnění a reakce na léky.

Hlavní technologií je sekvenování RNA. RNA se extrahuje ze vzorku, převede na komplementární DNA a sekvenuje. Výsledné čtení se mapují do genomu a počet čtení na gen ukazuje úroveň exprese. Lze také detekovat alternativní sestřih, nové transkripty a fúzní geny. Dřívější technologií byly mikročipy a v některých aplikacích se stále používají.

Transkriptomika se široce používá. V rakovině klasifikuje nádory podle jejich profilů genové exprese, což může být vodítkem pro léčbu. V imunologii studuje, jak imunitní buňky reagují na infekci. V neurovědě mapuje genovou expresi v různých oblastech mozku. V zemědělství identifikuje geny, které pomáhají plodinám tolerovat sucho. Je základním nástrojem funkční genomiky.

Data jsou komplexní. Jediný experiment může produkovat miliony měření. Normalizace, statistická analýza a biologická interpretace jsou nezbytné. Transkriptomika se netýká jen seznamů genů. Jde o pochopení toho, jak sítě genů spolupracují.