प्रत्येक कोशिका में जीनोम एक समान होता है। लेकिन ट्रांसक्रिप्टोम एक समान नहीं होता। ट्रांसक्रिप्टोमिक्स किसी दिए गए समय पर जीनोम द्वारा उत्पादित सभी आरएनए ट्रांसक्रिप्ट का अध्ययन करता है। यह मापता है कि कौन से जीन सक्रिय हैं, कितनी तीव्रता से सक्रिय हैं और उनकी अभिव्यक्ति में कैसे परिवर्तन होता है। यह कोशिका की गतिशील अवस्था को दर्शाता है, यही कारण है कि इसका उपयोग विकास, रोग और दवा प्रतिक्रिया के अध्ययन में किया जाता है।

मुख्य तकनीक आरएनए अनुक्रमण है। आरएनए को नमूने से निकाला जाता है, उसे पूरक डीएनए में परिवर्तित किया जाता है और अनुक्रमित किया जाता है। परिणामी रीड्स को जीनोम पर मैप किया जाता है, और प्रति जीन रीड्स की संख्या अभिव्यक्ति स्तर को दर्शाती है। वैकल्पिक स्प्लिसिंग, नए ट्रांसक्रिप्ट और फ्यूजन जीन का भी पता लगाया जा सकता है। माइक्रोएरे पहले की तकनीक थी, और इसका उपयोग अभी भी कुछ अनुप्रयोगों में किया जाता है।

ट्रांसक्रिप्टोमिक्स का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। कैंसर में, यह जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल के आधार पर ट्यूमर का वर्गीकरण करता है, जिससे उपचार में मार्गदर्शन मिलता है। प्रतिरक्षा विज्ञान में, यह अध्ययन करता है कि प्रतिरक्षा कोशिकाएं संक्रमण पर कैसे प्रतिक्रिया करती हैं। तंत्रिका विज्ञान में, यह मस्तिष्क के विभिन्न क्षेत्रों में जीन अभिव्यक्ति का मानचित्रण करता है। कृषि में, यह उन जीनों की पहचान करता है जो फसलों को सूखे को सहन करने में मदद करते हैं। यह कार्यात्मक जीनोमिक्स का एक मूलभूत उपकरण है।

डेटा जटिल है। एक ही प्रयोग से लाखों माप प्राप्त हो सकते हैं। मानकीकरण, सांख्यिकीय विश्लेषण और जैविक व्याख्या आवश्यक हैं। ट्रांसक्रिप्टोमिक्स केवल जीनों की सूचियों तक सीमित नहीं है। यह जीनों के नेटवर्क के आपस में कार्य करने के तरीके को समझने से संबंधित है।