Genomul este același în fiecare celulă. Transcriptomul nu este. Transcriptomica studiază toate transcrierile de ARN produse de un genom la un moment dat. Măsoară ce gene sunt activate, cât de puternic și cum se modifică expresia lor. Surprinde starea dinamică a unei celule, motiv pentru care este utilizată pentru a studia dezvoltarea, bolile și răspunsul la medicamente.

Principala tehnologie este secvențierea ARN-ului. ARN-ul este extras dintr-o probă, convertit în ADN complementar și secvențiat. Citirile rezultate sunt mapate în genom, iar numărul de citiri per genă indică nivelul de expresie. De asemenea, pot fi detectate splicing alternativ, transcrieri noi și gene de fuziune. Microarray-urile au fost tehnologia anterioară și sunt încă utilizate pentru unele aplicații.

Transcriptomica este utilizată pe scară largă. În cancer, clasifică tumorile după profilurile lor de expresie genică, ceea ce poate ghida tratamentul. În imunologie, studiază modul în care celulele imune răspund la infecții. În neuroștiințe, cartografiază expresia genică în regiunile creierului. În agricultură, identifică genele care ajută culturile să tolereze seceta. Este un instrument fundamental al genomicii funcționale.

Datele sunt complexe. Un singur experiment poate produce milioane de măsurători. Normalizarea, analiza statistică și interpretarea biologică sunt esențiale. Transcriptomica nu se referă doar la liste de gene. Este vorba despre înțelegerea modului în care rețelele de gene funcționează împreună.