Геном в каждой клетке одинаков. Транскриптом — нет. Транскриптомика изучает все РНК-транскрипты, продуцируемые геномом в данный момент времени. Она измеряет, какие гены активированы, насколько сильно и как изменяется их экспрессия. Она отражает динамическое состояние клетки, поэтому используется для изучения развития, заболеваний и реакции на лекарства.

Основной технологией является секвенирование РНК. РНК извлекается из образца, преобразуется в комплементарную ДНК и секвенируется. Полученные риды картируются на геном, и количество ридов на ген указывает на уровень экспрессии. Также можно обнаружить альтернативный сплайсинг, новые транскрипты и гены слияния. Микроматрицы были более ранней технологией и до сих пор используются в некоторых областях применения.

Транскриптомика широко используется. В онкологии она классифицирует опухоли по профилям экспрессии генов, что может помочь в выборе лечения. В иммунологии она изучает реакцию иммунных клеток на инфекцию. В нейробиологии она картирует экспрессию генов в различных областях мозга. В сельском хозяйстве она выявляет гены, помогающие культурам переносить засуху. Это основополагающий инструмент функциональной геномики.

Данные сложны. Один эксперимент может дать миллионы измерений. Нормализация, статистический анализ и биологическая интерпретация имеют важное значение. Транскриптомика — это не просто списки генов. Это понимание того, как сети генов взаимодействуют друг с другом.